Pembuatan Struktur Tiga Dimensi Protein Nukleokapsid SARS-CoV-2 Menggunakan Pendekatan Bioinformatika
DOI:
https://doi.org/10.32678/tropicalbiosci.v3i1.8251Keywords:
Metode homologi, Modeller, protein nukleokapsid, SARS-CoV-2Abstract
Nukleoprotein merupakan protein yang terikat dengan asam nukleat, sedangkan nukleokapsid merupakan kapsid atau penutup materi genetik virus. Struktur protein dapat ditentukan dengan cara pengujian di laboratorium, namun dalam penentuannya diperlukan tahapan instrumentasi dengan biaya yang tinggi. Melalui metode in silico, penentuan struktur tiga dimensi protein dapat dilakukan dengan biaya yang lebih murah. Tujuan penelitian ini adalah memprediksi struktur tiga dimensi nukleokapsid SARS-CoV-2 dengan metode in silico. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah metode homologi menggunakan program Modeller. Hasil dari penelitian ini menunjukkan bahwa prediksi struktur tiga dimensi protein nukleokapsid SARS-CoV-2 menghasilkan nilai DOPE -21543 dengan persentase identiti sebesar 51,45%.
Downloads
References
Amelia, F. (2013). Modeling struktur protein vaksin H5N1 HA BTB menggunakan I-TASSER. Jurnal Sainstek 7(2): 1−5.
Cicaloni, V., Costanti, F., Pasqui, A., Bianchini, M., Niccolai, N., Bongini, P. (2022). A bioinformatics approach to investigate structural and non-structural proteins in human Coronaviruses. Fronteries in Genetic 13: 1−12. https://doi.org/ 10.3389/fgene.2022.891418
Gelderblom, H.R. (1996). Structure and Classification of Viruses. In: S. Baron (ed.). Medical Microbiology, 4th edition, Chapter 41. Galveston (TX): University of Texas Medical Branch at Galveston. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK8174/
Ismail, S. (2014). Mikrobiologi-Parasitologi. Yogyakarta: Deepublish.
Martí-Renom, M.A., Stuart, A.C., Fiser, A., Sánchez, R., Melo, F., Šali, A. (2000). Comparative protein structure modeling of genes and genomes. Annual Review of Biophysics and Biomolecular Structure 29(1): 291–325. https://doi.org/ 10.1146/annurev.biophys.29.1.291
Šali, A., Blundell, T.L. (1993). Comparative protein modelling by satisfaction of spatial restraints. Journal of Molecular Biology 234(3): 779–815. https://doi.org/https://doi.org/10.1006/jmbi.1993.1626
Shen, M., Sali, A. (2006). Statistical potential for assessment and prediction of protein structures. Protein Science 15(11): 2507–2524. https://doi.org/ 10.1110/ps.062416606
Susilo, A., Rumende, C.M., Pitoyo, C.W., Santoso, W.D., Yulianti, M., Sinto, R., Singh, G., Nainggolan, L., Nelwan, E.J., Khie Chen, L., Widhani, A., Wijaya, E., Wicaksana, B., Maksum, M., Annisa, F., Jasirwan, C.O., Yunihastuti, E. (2020). Coronavirus Disease 2019: Tinjauan Literatur Terkini. Jurnal Penyakit Dalam Indonesia 7(1): 45–67.
Syarifah, I.F., Suryani, Y., Adzani, G.G., Kurniawan, I.D., Taupiqurrohman, O. (2022). Pharmacophore analysis of monoterpene Melaleuca leucadendra as an inhibitor for 3CLPro of the SARS-CoV-2. Jurnal Biodjati 7(1): 259-267. https://doi.org/10.15575/biodjati.v7i2.20496
Webb, B., Sali, A. (2016). Comparative protein structure modeling using Modeller. Current Protocols in Bioinformatics 54: 5.6.1–5.6.37. https://doi.org/10.1002/ cpbi.3
